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天启五年六月，也就是在朱燮元的捷报和奏章抵京之后的两天，魏忠贤绕过内阁首辅叶向高和赵南星等东林党大臣，以司礼监和内阁的共同名义，奏请皇帝的同意，直接给朱燮元下旨，令其尽快在贵州布政使司的土司旧地实行改土归流，稳定地方。
魏忠贤的这一番操作，不仅惊呆了同是阉党的官员，更让东林党的一众官员目瞪口呆。
按照多年来形成的惯例，皇帝的旨意只有在经过内阁的票拟和司礼监的批红后，才具有合法性，才会被官僚集团接受。若是皇帝的旨意绕过内阁，直接交付给某一部门执行，被称为中旨。
大臣们对中旨是很抗拒的，一旦皇帝有中旨，大臣们都会消极对抗，若是有人去迎合皇帝的中旨，就会被官僚们孤立。
大明两百年下来，皇帝和大臣们都对这一规则心照不宣，维系着双方的平衡。
但现在，魏忠贤打破了这一惯例，手抓票拟和批红的权力，在皇帝的授意下，让中旨有了合法性。更关键的是，魏忠贤不是孤身一人，他还有整个阉党做支撑，瓦解了东林党的孤立之策。
并且，贵州的改土归流，势必会空缺出大量的官位，导致东林党和其他各党连消极对抗都不敢干，那是在坐视阉党的壮大。
这些还都只是表面上的，像赵南星这样的官员，已经看到了魏忠贤背后的天启皇帝。说到底魏忠贤不过是个太监，他的权力完全来自于皇帝。
贵州布政使司的改土归流，加剧了阉党和东林党的斗争，也让双方的斗争愈加血腥。
且不提朝政因西南之事的变动，远在贵阳府的朱燮元接到朝廷旨意后，立即昭告全省，在原土司之地实施改土归流，被解放的奴隶“编户齐民、按户均田”。
原本各地就在进行着改土归流的事，现在的到朝廷的确认后，改土归流的速度更快了，同时因为战争和改土归流空缺出来的官位也被整理出来，一并交到朱燮元手里。
朱燮元没有人事任命权，空缺出来的官位被他提交给朝廷，在官位明细下还有一份他要举荐的人。
以朱燮元的身份和功劳，阉党和东林党都不会忽视朱燮元举荐的人。
朱燮元举荐的名单里，包含两个部分，一部分是跟随他平叛的文官，另外一部分则是安置反抗军的武官。
在改土归流中，反抗军中绝大多数人都选择的是回家分田，少部分人选择继续从事行伍。对于这部分反抗军，朱燮元把他们分为三部分，一部分安置到赤水卫，靠近重庆府，也就是谭良栋刚进贵州时驻扎的地方。
另外一部分则安排到平越卫，靠近湖广，最后的则放到水西城，建立水西卫，用来监视安氏余孽。
从朱燮元对反抗军的安排，可以看出他对反抗军很不放心，都放到明军实力较强的地方。
在整个贵州布政使司在进行着改土归流的同时，水西城的刘羽也决定了自己的选择。
水西城，张应宸和刘文景两部已经抵达，吕梁镇在水西城的兵力达到一千人。
反抗军的人数也稍稍增多了一些，大多都是来自贵阳府南部的反抗军。受朱燮元改土归流的影响，散落在贵阳府南部的反抗军解体，少数不想回家种田的反抗军选择北上，到水西城同刘羽汇合。
“大头领，我们反抗军可不能都回家种地去，还有那么多土司在压榨我们的奴隶兄弟！”
刘羽挥手制止了从贵阳府南部回来的反抗军军头，直接道：“我已经决定了，接受吕梁镇的整编，跟随吕梁镇北上回山西。”
“诸位，朱总督的命令想必大家都收到了，若是想同我一道北上的，就一起接受吕梁镇的整编，若是想留在这里，就去朱总督给的三个地方区报道。”
刚刚说话的军头愤懑道：“大头领，你说得这两个我哪都不选！”
刘羽也很干脆：“那就自己走出一条道来。”
随后，刘羽继续道：“诸位，我反抗军从成军到现在，不过一年时间，推倒了安氏，消灭了诸多土司，靠的就是奴隶兄弟们的支持。现在大家要回去种地，过安生日子，我们能阻挡得了吗还是说，我们是想成为新的土司”
刘羽的话让众人安静下来，特别是刚才的军头，虽然还是一脸愤懑，但已不再言语。
在刘羽做出决定之后，便告知了谭良栋。同时，刘羽也希望谭良栋能答应自己一个条件，人各有志，对于既不想跟随自己加入吕梁镇，也不想被朱燮元收编的反抗军，希望谭良栋能任其离开。
谭良栋答应了刘羽的条件，反抗军的成功机具偶然性，若是没有明朝廷和贵州土司的开战，没有吕梁镇的大力扶持，反抗军很难壮大。
更何况，现在明面上的情况是朝廷平定了贵州的土司叛乱，改土归流也在逐步实施，但这些都只是表象。很快，席卷整个天下的动荡就要来临，到那个时候，这些看似安稳的土司必定会跳出来，留下反抗军的火种，说不定会起到意想不到的效果。
比起汉地，这些土司就是国中之国，特别是边界地带的土司，更是为所欲为。云南布政使司边界的土邦，在万历年间就不断叛乱，兵锋一度直达昆明，后来被大将刘綎平定。
由于这些土邦地处边界，即使平定叛乱，也无法将其改土归流。到了后面，这些土邦索性投靠缅甸的东吁王朝，彻底脱离大明。而此时的明朝廷战事缠身，顾不得边界土邦。纵观云南地图，从明到清，一直都是在缩水的。
就在谭良栋在贵州和水西安氏作战的时候，边界土邦和沐王府还一直冲突不断。
天启五年七月中，随着改土归流的逐步进行，反抗军彻底解体。留在水西城选择跟随刘羽的反抗军，吕梁镇也完成了对其的整编。
为表示对反抗军的尊重，谭良栋将刘羽这一营命名为反抗营。
