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当他进入高塔的大厅后，更是遇到了2b的复制体。
其中一个复制体趁其混乱时自爆，炸毁了9s的一只手臂。
另一边，a2得知白色巨塔大门开启后，立刻赶了过去。
在门口见到了红发两姐妹，她们已经奄奄一息。
她在高塔内找到了一座图书馆，获得“2型计划”的资料。
正准备打开查看时，一个巨型蜘蛛机器人突然冲了进来……
画面切换，被爆炸冲击震晕后的9s清醒过来。
他拆下了2b复制体的手臂，安装在自己身上。
在前进的路上，遇到了二周目结尾时的红衣姐妹。
她们表示只要9s击退这里的敌人，就能获悉一个小秘密。
这个秘密是一份绝密档案——废除寄叶部队的计划。
原来，整个寄叶部队的成员，都只是计划中的炮灰而已。
9s冲出露台，夺得机甲——他要摧毁这里的一切。
然而，红衣姐妹表示她们是无法被消灭的。
画面切换到a2那边，她重创了巨型蜘蛛后，对方选择逃跑。
a2则在图书馆中找到了中枢，黑入了红衣姐妹花的内部。
在pot的建议下，a2让姐妹们互相否定自我，并且互相发起攻击。
接着，a2搭乘电梯前往塔顶，遇到修复好的巨型蜘蛛阻扰；
9s也驾驶机甲前往塔顶，遇到另一只巨型蜘蛛的阻扰。
他俩在塔顶汇合后，这两只巨型蜘蛛也组合成一只超大型机器人。
两人暂时联手对付这个boss。
中途，a2告诉9s：
这座塔其实是一个发射台，用火箭来摧毁月球的人类服务器。
除此之外，她还告诉9s，2b其实是“e型”，是专门杀死同伴的部队。
一开始2b出现在9s身边，就是为消灭所有证据而存在的。
换言之，2b存在的目的，就是要杀死9s。
9s知晓了一切真相，不过他也不在乎了——他只想摧毁这世界上的所有。
这时候玩家可以选择操纵9s或者a2，分别对应不同的结局。
选a2的话，她很快击倒了9s，并黑进他的意识中.
原本9s的感染程度已经达到无可挽回的地步，但a2将所有病毒都集中在自己身上，恢复了9s的生命。
她命令pot将9s和一个2b的复制体带走。
她自己则成功摧毁了整座白色高塔，并葬身其中。
如果选9s的话，在战斗过程中，a2会因为听到2b的呼唤而分心。
9s趁机用剑刺穿了她，但他自己也死在了2b的剑上。
在他的弥留之际，白色高塔内的火箭发射升空，摧毁了月球……
这时候，上官言的视线陷入漆黑之中，隐约能看见闪烁的光点，就像夜空一样。
在空灵婉转的歌声中，他陷入了沉思。
虽然这里面的各种科技，还有人工智能和机械生命体的设定，让他有点迷茫。
但整个故事的剧情却让他感到深深的震撼。
在他之前玩的游戏中，只要通关一周目后，基本上知道了九成以上的剧情。
然而，在尼尔中，一周目最多了解剧情的三到四成。
在二周目中，很多东西都被颠覆，敌人也会展露自己的真实面貌。
到了三周目，整个剧情再次被颠覆，不光主角们沦为弃子，就连他们为之战斗的东西都不再存在。
对于上官言来说，这是从未有过的体验。
“滋嚓”
突然，周围再次出现机械运转的声响。
pot042和pot153出现在画面中。
它俩需要对a2、9s、2b的资料进行删除。
不过，在这个过程中，042表示无法接受这个结局。
它拒绝删除数据。
同样的，153心里其实也不认可这个结局。
它俩商量之后，向玩家提出一个问题：
【你希望他们都活着吗是否】
上官言毫不犹豫地选则了“是”——他当然希望主角们都活下来。
这时候，画面切换，他再次进入弹幕射击模式。
为了改写结局，他必须控制一架小飞机消灭所有敌人。
那些敌人都是奇怪的字符，上官言都不认识。
在尼尔原作中，这些字符都是游戏制作组员工的名字。
为了有怨念的玩家，能够痛打制作组成员。
沈牧通过回忆玉佩，直接照搬了过来。
这群敌人会放出很多弹幕，越到后面，弹幕和敌人越来越多。
除非车万高手，要不很容就被击中。
当上官言被击中三次后，小飞机爆炸了。
这时候会面对系统一连串的问题：
“你承认自己战败了吗”
“这只是区区游戏而已，很笨吧”
“你要在这里放弃吗”
他不甘心在这里放弃，毫不犹豫地选择“否”，继续进行下去。
接着出现了一个“接受救援”的选项。
虽然有些摸不着头脑，但他接受之后，继续操纵小飞机攻击敌人。
突然间，飞来六架僚机，团团包围着小飞机，死死地保护着它。
每被击中一次，就会有一架僚机代替小飞机死亡，同时还会有另一架来补位。
这时候，视线中会出现“xxx的存档已彻底丢失”。
原来，这名玩家舍弃了自己几十个时辰打出的存档，来帮助素未谋面的陌生人渡过难关。
而且，还会看到他们给接受帮助玩家的留言：
“我曾与你走过相同的路，所以，千万不要放弃！”
“你不是一个人在战斗，无论如何，一定要加油！”
“我愿用我的全部存档，为你挡下一颗子弹，请全力以赴！”
这时候，背景音乐也变成了许多人的合唱，似乎代表着有无数人陪着玩家一起，坚持到最后。
当上官言操纵小飞机，终于消灭所有敌人时，最后的结局也出现在他眼前：
pot042和153一同飞到9s和2b复制体的位置，准备对他们进行修复。
另一边，a2孤单地坐在窗户边，眺望着这个世界……
他们三个，都活了过来。
画面逐渐陷入黑暗之中，上官言也面临着最后的抉择：
pot询问他，是否愿意删除自己所有的存档，帮助其他仍未通关的玩家。
【你是知晓痛苦与困难的人】
【你愿意拯救弱者吗】
他想起自己接受的帮助，毫不犹豫地选择了“是”。
系统便当着他的面，一条一条地删除了地图、人物属性、武器、技能等全部存档。
上官言看着这个画面，脸上却带着笑意。
他默默地选择了自己的留言：
“不要在这里半途而废啊，拜托你，把他们三个都带回来吧！”
此时，他的脑海中，莫名地回响着游戏中那句熟悉的台词：
“愿人类，荣光永存。”
