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什么是自组织不需要外部指令和干预，系统内自动形成相互默契的目标和规则，各尽其责而又协调地互动地形成有序结构，就是自组织。微观物质中，在物理、化学、生物中这种自组织现象是普遍存在的。
物质自组织是微观（原子分子层面）的自发的运动，引发形成了宏观有序的物质现象。举一个明显的例子：墨汁滴到一杯清水里，引发了系统的不稳定，墨汁微粒在水中发生着布朗运动。这个运动是物质自发的，过程好像是随机的、杂乱无章，目标却清晰完美，方向稳定。直到这滴墨汁完全均匀分布在水中，这完全均匀分布过程就是一种自组织。
这样的例子有很多，盐溶解在水里，最后的咸度均匀一致；锌熔化在高温铜液里，形成黄铜。黄铜的每一颗微粒的铜锌比都完全一致；激光器中电磁波“无外力”的自激振荡；记忆合金也是某种温度条件下恢复原来的形状、尺寸也是自组织，等等。
化学自组织现象是指物质世界中自发形成的宏观有序现象。典型的例子有：贝纳德流体对流形成的图案，着名的化学振荡图案自动变色的化学波。还有种类繁多的化学试剂、试纸，在化学测试中能够产生宏观、显着的色彩显示，也是自组织的佳作。
为解释自组织现象，科学界有离散结构理论，还有协同学理论、超循环理论等等，它们力图沟通物理学、化学与生物学甚至社会科学来阐释自组织。可是，这些理论把参入自组织的元素：原子、分子、基因等微观物质，看成是微粒、是一个个没有自身活力的“子”。于是没能够找到自组织的原始动力来自哪里导致化学自组织成为科学难题。
自组织有自行振荡、自行平衡、自行有序。好像是无中生有、无中生有性，其实自组织在各尽其责而又协调地互动地形成有序结构的过程中，隐含着一个非常重要的前提：自组织中的每一微观成分都必须有主观能动性，必须蕴含着自我行动并且影响周边同类的“能、力”。
化学元素不仅仅是一个个的“子”，更重要的是在原子核外存在着有规律、有一定速率运转的核外电子，电子的运转成就了物质的能（热能、化学能等等），质子、电子伴生的场对外作用形成了力。原子价电子所具备的这种“能、力”，是物质分子的化学存在和化学自组织的基础和根源、是活力、是实施自组织行为中运动变化的动力来源。
但是，近80年来，量子物理学的波粒二象性概率论以及测不准理论当道，禁锢了对核外电子的运动线路、速率的探讨，迫使科研远离价电子运转线路、运转伴生的波，回避伴生波与周围波的互动和交流，被迫离开了自然的真实。
真实在哪里
化学元素周期表醒目地告诉我们：价电子是决定物质特性（金属、非金属）的关键性因素，价电子的结合、分解、重组构成了新物质，成就了化学。
大自然在火光中提示：温度高光照频率高-告诉人们：核外电子的运转线路、速率是规律的，是随着温度变化的，说明核外电子是以一定的速率运转着的，是有规律的。
