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一片黑暗之中，出现了一行提示：
14天后……
冰冷的系统提示声传来：
【寄叶机体-2b的黑匣子信号中断，确认已经死亡】
原来是2b的pot042在和9s的pot153进行对话。
由于之前它们也进行过战斗、情报数据的交换，这些权限都是放开的。
最终，pot042根据2b的临终前的意愿，追随a2。
虽然后者并不喜欢pot042。
但它固执地跟着，a2也只好采取无视的态度。
这时候，上官言操纵的视角变成了性感小姐姐a2。
不得不说，她的身材和2b完全是同一个级别。
而且，由于她穿得更少，举手抬足间的诱惑，让人更加把持不住。
pot042自作主张地要求a2设立任务，但a2早就脱离了寄叶部队，自由惯了，不愿设立目标。
最后，她实在扛不住pot042的唠叨，接受了它安排的第一个任务——消灭大型机械生命体。
根据pot的指引，她前往沙漠，轻松地干掉了三台巨臂机器人。
她顺便还嘲讽了pot选的敌人也不过如此。
然而，真正的boss却从地底钻出来——一只极为巨大的机械蜈蚣。
a2经过一番苦战后，消灭了蜈蚣。
战败的蜈蚣用躯体围住a2，发动电磁脉冲，使对方陷入到停机状态。
这时候要通过小游戏来重启a2的系统。
在这个过程中，a2会触发一部分2b的回忆。
其中有一段是司令的命令，要求2b监视某个人，视情况进行处决。
尽头是一团喊着“妈妈”的方块，被a2拿着剑砍碎。
接着，2b出现在a2面前，似乎想与她的记忆融合，却遭到了a2的强烈阻扰。
与此同时，pot042和pot153继续共享情报。
pot153很关注一点：2b残余的数据，对a2自我的影响。
pot042表示，这个只能后面再更新。
a2由于和巨型蜈蚣苦战其间，身体承受了巨大的负荷，燃料过滤器出现了损坏的情况。
pot提议a2可以前往反抗军基地，更换燃料过滤器。
在反抗军营地的入口，她还顺便解救了被围攻的帕斯卡尔。
a2在营地里面找到了阿妮摩尼，告知对方2b已经死亡的消息。
阿妮摩尼表示，营地目前没有过滤器，建议a2去机器人村庄寻求帮助。
到达村庄后，帕斯卡尔决定帮助a2制作过滤器，不过需要a2去收集材料。
收集完材料，交给帕斯卡尔后，a2便解决了自己的过滤器故障。
回到反抗军营地，a2正准备休息，却接到帕斯卡尔的求救信号——一部分村民发生变异，开始袭击同伴。
她赶往村庄，发现这里已经沦陷了。
清理掉村庄里面的敌人后，由于这里已经被毁坏，帕斯卡尔只好带着小机器人们去工厂暂住。
这时候，工厂受到机械生命体的袭击，a2和一起出去迎战。
面对漫山遍野的敌人，a2很快便支持不住。
但是，帕斯卡尔急中生智，控制了一个超大型机械生命体，消灭了全部敌人。
然而，当他们回到小机器人们躲藏的房间时，却发现它们因为害怕，全都自杀了。
帕斯卡尔辛辛苦苦教会小机器人们何为感情和知识，没想到，它们最后却因此而死。
快要崩溃的它，请求a2要么消除自己的记忆，要么杀了自己。
消除了记忆之后，帕斯卡尔就变成了一个可以交易的商店……
……
此时，画面切换到9s的视角。
2周前，从吊桥上坠落的9s，被红发两姐妹救了，带到反抗军营地治疗。
9s得知2b死亡的消息后，情绪十分低沉。
他打算去调查一下那座白色高塔。
然而，高塔大门以及周围的三个副塔都无法黑进去。
此时，对方主动提示，需要依次破坏三座资源回收装置，集齐关键物品，组成钥匙才能进入白色高塔。
第一个资源回收装置在林区中，摧毁顶楼的核心就能获得关键物品。
在这个过程中，pot153检测到9s出现心理扭曲状况，逐渐地黑化。
它和pot042通信，暂时避免9s和a2碰面，以免加剧他的心理负担。
第二个装置在水淹都市。
9s在探索的过程中，获得了一个惊人的情报：
原来，寄叶部队成员的黑匣子，是用机械生命体的核心制作的。
之所以这样，是因为寄叶部队迟早会被淘汰。
如果用机械生命体的核心制作，淘汰的时候就能少很多心里压力。
这也是寄叶部队容易被病毒入侵的原因（相比之下，地面上的反抗军就没有受到病毒影响）。
也就是说，被2b和9s消灭的无数机械生命体，都是他们的同类。
9s在摧毁核心的过程中，却发现黑进了自己的记忆。
敌人趁他不备，删除了他脑海中关于2b的数据。
发狂的9s，击倒了一个方块组成的敌人。
他用手中的刀不断地刺入敌人的尸体。
然而，这个“敌人”逐渐显出原形——是2b。
9s用刀将2b的尸体切碎，自己却浑然不知。
最终，他摧毁了核心，拿到了关键物品。
由于他处于极度的疯狂状态，pot042建议pot153对9s进行关停检查。
pot153以9s的系统出现故障为名，让他回到反抗军营地休养。
到达营地后，红发两姐妹为他进行了修复。
并且劝他不要去寻思，如果2b还在世，一定不会允许他这样做。
最后一个装置是在游乐场。
9s一路杀到游乐场顶楼，遇到通信员21o小姐姐，只不过对方已经被感染了。
在战斗中他了解到，对方是为了到地面搜索他，才转成战斗形态。
结果落得这个下场。
9s击倒对方后，不忍心下手。
21o趁机偷袭9s，结果被a2杀死。
此时，被愤怒冲昏头脑的9s，已经听不进a2的话，直接和她进行战斗。
突然间，整栋楼崩塌，9s从高处坠落。
a2则要面对一个奇怪的机器人：
二周目开头，9s看到的弟弟机器人拿桶接油，试图救活死去的哥哥，但是没有起到作用。
它最后和哥哥合体，以另一种方式“复活”了哥哥。
激战之后，a2帮助它们获得了解脱。
这时候，pot042与pot153进行了机密通话——它们怀疑自己产生了意识。
另一方面，摔到地面的9s，也在pot的帮助下，恢复了知觉。
他现在已经集齐了三个关键物品，便前往白色高塔继续调查。
使用这些物品解开附近三个副塔的封印后。
主塔需要花费很长时间破解。
但大批机械兵钻出来干扰9s的行动。
正在这时，红发两姐妹及时赶到支援，阻击了机械兵。
然而，9s却发现，大门的封锁根本无法破解——这意味着他之前搜寻关键物品的举动，都是白忙活了。
红发两姐妹为了弥补自己以往的过失，冒着烧掉回路的风险打开了高塔之门。
她们的记忆也共享给了9s：
原来，她们曾经是守护人类的机体，可是计划失败人类灭亡，十分自责，所以打算赎罪。
9s进入白色巨塔后，一路遇到感染的寄叶队伍来阻击。
