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几轮交手之后，佐助进入了鸣人的意识，发现了九尾的秘密。九尾妖狐对佐助的出现很吃惊，他说佐助的写轮眼和查克拉比他自己的还要邪恶，并说以前见过类似的宇智波斑。佐助对九尾所说的事情并不感兴趣，并开始压制九尾的查克拉。九尾退却时威胁佐助不要杀死鸣人，否则定会后悔。回到现实世界后，佐助准备使用绝招将众人一举歼灭，这时大蛇丸和兜出现了。兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱晓的力量，便于他对鼬的复仇。于是佐助一行三人便消失了。
佐助出现在1000个被他打倒的忍者中间，他身上干干净净，一点血到，而且每一个忍者都没有给予致命一击。大蛇丸说即使是被称为天才的他在当年也没有如此实力。这时候的佐助觉得自己已经没有什么可以从大蛇丸那里学到的了，就在大蛇丸躺在床上养病的时候突然对他发起攻击，用千鸟锐枪攻击大蛇丸。而早有准备的大蛇丸则现出真身“白鳞大蛇”，要夺取佐助的身体。两人在精神空间里进行战斗。在佐助的写轮眼下，大蛇丸遭到了和当年对战鼬时相同的惨败。他的精神世界完全被佐助吞并了。
在摆脱大蛇丸的控制以后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。他同水月商量要组织一个新的小队，并说早有了人选。两人来到南秘所，说服了有特殊能力的管理员香磷入伙，然后释放了所有的囚徒。接着佐助一行人来到北秘所，准备释放重吾。此人是咒印的源头，拥有双重性格，平时很和善，但当咒印爆发时就抑制不住杀人的冲动。佐助、水月和香磷来到关押重吾的北秘所，并找到了他。正处于杀人冲动中的重吾与水月打了起来，但很快被佐助用大蛇缠住。重吾在佐助的杀气下恢复了正常，重新躲进牢房，害怕自己再次出去杀人。佐助对此表示会当重吾的牢笼，阻止他的杀人冲动。之后佐助又说君麻吕已为他而死，此刻重吾终于知道眼前这人就是君麻吕不惜生命都要将他带回大蛇丸身边的宇智波佐助。为了要见识一下佐助到底有什么能耐可以让君麻吕不惜牺牲来换取他，重吾决定加入他们。佐助的四人小队正式组成，取名为“蛇”，佐助的最大目的是要杀死鼬，而这世界都将因“蛇”的出现而发生变化。
佐助与“晓”的阿飞、迪达拉相遇，迪达拉与佐助开战。战斗过程中佐助利用自己的雷属性有效地克制了迪达拉的土遁炸弹，甚至破解了迪达拉原本用来杀鼬的必杀技——c4迦楼罗。最终迪达拉败下阵来，在穷途末路之际迪达拉选择同归于尽，为了证明自己的艺术。
以及不惜一切也要杀死佐助的决心让他发动了终极艺术自行爆炸，可是佐助熟练地运用了写轮眼，进入万蛇体内用空间忍术跃入其他空间，成功离开爆炸之地，得以保命，而迪达拉则在爆炸中身亡。
在另一边，木叶村收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务。“蛇”赶到“晓”的根据地，而佐助更遇到鼬，鼬指示佐助前往宇智波一族的故地，来个了断。
两兄弟决战，初时佐助似乎占了上风，从鼬背后向其插了一刀，但是这却又是鼬的分身，佐助立刻向身后的另一个鼬使用千鸟锐枪进行攻击。后从绝口中才得知，双方似乎是在战斗，但其实只不过是幻术上的攻防战，实体一直未有动身。佐助从鼬口中得知宇智波一族创始人——宇智波斑仍存在的事实，就是斑跟鼬一起消灭了宇智波全族，同时亦得知宇智波斑也同样拥有万花筒写轮眼，而且是第一个以眼睛控制九尾及揭露此眼另一秘密的人。
鼬继续向佐助诉说万花筒写轮眼的另一个秘密，佐助之前已阅读过关于宇智波一族的秘密，了解到了万花筒写轮眼终有一天会失明的事实。鼬告诉佐助，本已是万花筒写轮眼拥有者的人，能从自己兄弟那儿取来同样的眼后而创造出带有独特力量的新眼睛——“永恒万花筒写轮眼”，这双眼睛永不会堕入黑暗的失明世界中，而且还会有新的力量产生，这就是万花筒写轮眼的另一个秘密。
因此鼬一直以来要佐助练成万花筒写轮眼，正是要这个弟弟作为他的“备用品”，以脱离万花筒写轮眼拥有者失明的命运，而佐助根本没有想到自己只有普通写轮眼，鼬即使要自己的双眼也无法成就永恒万花筒写轮眼，却把鼬所说的一切谎言当做事实而向鼬发起了攻击。
两兄弟不断使出绝招攻击对手，基本上是佐助进攻，鼬防御的状态，佐助的实力比起两年多早已今非昔比，然而鼬却持续放水，让其在交战过程中，轻易破解自己的最强的精神攻击——“月读’与最强的物理攻击——“天照”，最后佐助查克拉耗尽之时，决心用自己一手准备的终极绝招来决胜负……
原来佐助先前的火遁术射向天空目的并不是攻击鼬，而是用来制造出积雨云，进而产生雷电，并将自然界巨大的雷电之力通过手中雷电引导向鼬。这个术被佐助命名为“麒麟”。“麒麟”一击将整个据点都击得粉碎，佐助亦以为鼬已被杀…但意想不到的是鼬在麒麟劈下的瞬间以光速开启了须佐能乎完美防御了佐助的攻击。
就在此际，本来被佐助夺去力量、压制在其体内的大蛇丸，竟趁佐际企图侵占其身体，他使出自己最大最强的术——“八歧之术”变化出八歧大蛇。但一如日本神话须佐之男斩杀八歧大蛇的具体情景，八歧大蛇八个头颅先后被‘须佐之男’斩下，而本来潜藏在八歧大蛇内的大蛇丸，也被须佐能乎的“十拳剑”（别名酒刈大刀，草雉剑的其中一把，能将所有刺中的东西封印在醉梦的游离世界内）刺中，被永久封禁在葫芦了。
佐助的咒印在鼬封禁了大蛇丸之后亦从此消失，但佐助此时已用尽所有力量，连写轮眼都使不出来了。面对鼬强大的“须佐能乎”，佐助无法开启写轮眼的力量，唯有不断以草薙剑引爆符进行攻击，但这一一被鼬的须佐能乎所持的“八咫镜”弹开，鼬步步迫近，最后微笑着在佐助的额头前轻轻点了一下（这里有个典故，佐助小时候每一次缠着鼬，请求鼬陪着自己练习忍术，鼬每一次都在佐助的额头轻轻点一下，并说：“原谅我吧，佐助，下次再教你吧”）
说：“原谅我，佐助这是最后一次了。”然后倒下，一时昏天黑地，阵雨迷蒙，天仿佛哭泣一般地，而天照之火仍在不熄灭地燃烧，当佐助看见旁边的鼬再也不动后，他明白了鼬已经死亡，随即满足地笑了一下，也接着倒下了，兄弟躺倒呈现69姿势，仿佛永远隔绝的存在。
阿飞在之后找到并救起已经晕倒的佐助，并告诉了他宇智波家族与木叶曾经的恩怨，而鼬则竟然是木叶的双重间谍，他是为了防止战争的爆发才选择亲手灭掉宇智波一族的，并且鼬其实一直都在暗中保护佐助，当年鼬没有杀佐助，并且一直在培植佐助的力量，通过让他憎恨来不断将写轮眼变强，直至后来开启了万花筒写轮眼。因为在鼬认为，佐助比木叶村更加重要。佐助得知“真相”（阿飞的忽悠）之后十分震惊与悲愤，他决定刺杀逼死鼬的幕后黑手——团藏等三位木叶高层，以及摧毁对宇智波一族实行灭族政策的木叶忍者村。
佐助的小队更名为“鹰”并临时与晓合作，前往雷之国收服八尾人柱力，拥有新的写轮眼的佐助轻易地获得了八尾人柱力的情报，前往云雷峡。在云雷峡，“鹰”遇上了前所未有的强敌八尾人柱力——奇拉比，千鸟流、千鸟、咒印、斩首大刀相继失效，佐助身中七刀，幸得香磷救治，继续战斗。此时，八尾人柱力望速战速决，使出了绝招“第八把刀”，并进一步完全八尾化，佐助想起“鹰”小队对自己的帮助，最后浮现在内心的是鸣人、小樱、卡卡西，当年的第七班。内心的情感催动了他使出天照，击败八尾，将其捕获。不过被击败的八尾却只是八尾的分身。
鹰小队在一番修整之后决定向木叶进攻，不过途中被告知木叶已被摧毁，于是转变目标——潜入五影大会，刺杀火影！由绝带领其前往五影大会，但在到达之后却被绝出卖。绝告知五影佐助潜入的消息，愤怒的雷影立马开始寻找佐助（由于八尾人柱力为雷影的弟弟，而雷影以为其弟已落入佐助之手，因此对佐助有着很深的仇恨）。
随后雷影发现佐助一行，一番开场的激战之后，雷影与佐助进行一对一单挑。雷影的实力强得逆天，佐助在战斗中使出千鸟、天照等绝招，均无法压制住雷影。之后佐助控制天照的形态形成一个黑火之盾，用来阻挡雷影的攻击，可惜雷影选择玉石俱焚，宁可手脚不要也坚持攻击佐助。眼看两人就要两败俱伤之际我爱罗前来助阵，雷影暂时退下治疗断掉的左手。而佐助则对上了我爱罗等四人，战斗中佐助使出了自己新的奥义——须佐能乎，抵挡住了众人的合力攻击。
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<!--作者有话说editorbyjack2014-09-19-->
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